O Instituto Marco Zero adota práticas de gestão baseadas nos princípios da legalidade, impessoalidade, moralidade, publicidade, economicidade e eficiência.
A instituição é administrada por órgãos estatutários regularmente constituídos, incluindo Conselho de Administração, Conselho Diretor e Conselho Fiscal, conforme definido em seu Estatuto Social.
O Instituto não distribui resultados, excedentes operacionais ou patrimônio a dirigentes, associados ou doadores, aplicando integralmente seus recursos na consecução de seus objetivos institucionais.